有害生物

ウイルス、細菌などの病原体

ブルセラ症、炭疽病

ワイル病（ねずみの糞尿に含まれるレプトスピラで汚染された湿潤地で罹患する）

つつが虫病

ウイルス性肝炎（A型肝炎、B型肝炎、C型肝炎）

A型肝炎は、A型肝炎患者やウイルスキャリアの糞便により汚染されたものを飲食することで感染する。

B型・C型肝炎は、ウイルスキャリアの血液を介して感染する。

細菌性食中毒、自然毒、有害化学物質

細菌性食中毒は、感染型（細菌そのものに毒性がある）と毒素型（細菌が毒素を産出する）がある。

感染型の代表は、腸炎ビブリオ（病原性好塩菌）とサルモネラ菌、病原性大腸菌、ウエルシュ菌、セレウス菌、カンピロバクターである。

毒素型の代表は、ブドウ球菌のエンテロトキシンと、ボツリヌス菌のボツリヌストキシンである。ブドウ球菌による食中毒は頻度が高く、死に至ることは少なく、回復も早い。ボツリヌス菌は神経毒であり、発生頻度は少ないが致死率は高い。

自然毒の代表は、フグ中毒（テトロドトキシン）、きのこ毒がある。

化学物質による食中毒は、有害食品添加物（チクロ、AF2）、農薬、蛋白質の腐敗によるアミン類、カビ、事故による化学薬品汚染などがある。

感染性胃腸炎の原因菌には、ノロウイルス、ロタウイルス、サポウイルス、アデノウイルスなどがあり、主な症状は、腹痛、下痢、嘔吐、発熱。症状の見られる期間は短い。
経口感染する。これらの胃腸炎は主に冬季に流行し、たびたび集団で発生する。

O-157やO-111は、腸管出血性大腸菌と呼ばれ、ベロ毒素（又は志賀毒素）と呼ばれる毒素を産生する。この毒素は赤痢菌が産出するものと同じであり、赤痢と同様に出血を伴う下痢が起こる。

ノロウイルスの潜伏期間は、24～48時間で、感染しても発症しない場合もある。
また、アルコールや高温、乾燥、酸といった消毒・殺菌効果のあるものに対して強い抵抗力がある。
毒素は発生させず、十二指腸付近の小腸上皮細胞を脱落させ、特有の症状を発生させる。